GPCRmd

Home
Datasets
Analysis tools
- GPCRmd Workbench (example)
- Receptor meta-analysis
Submission
- Simulation submission
- Authorship and references form
Documentation
Partners
- Supported by:
- ERNEST (COST Action CA18133)
- GLISTEN (COST Action CM1207)
- Partner servers:
- GPCRdb (Uni. Copenhagen)
- GPCR-ModSim (Uppsala Uni.)
- GPCRM (Uni. Warsaw)
- NMRlipids (Uni. Helsinki, Max Planck Institute)
- HomolWat (Uni. Autònoma de Barcelona)
Contact

Search

Receptor meta-analysis

Residue interaction frequency: hydrogen bonds

How to
use it

Full dataset

GPCRmd community
Individual contributions

Non-polar

van der waals
hydrophobic
Polar/Electrostatic

hydrogen bond
- sidechain to backbone
- sidechain to sidechain
- ligand to sidechain
- backbone to backbone
- ligand to backbone
water bridge
extended water bridge
salt bridge
pi-cation
Stacking

pi-stacking
t-stacking

Total interaction frequency

Interaction types definitions

Protein-Protein
Protein-Ligand

Show reversed residue pairs

Customized dataset

agtr1_human (4ZUD.A) (dyn189)
agtr1_human (4YAY.A) (dyn166)
agtr1_human (4ZUD.A) (dyn146)
agtr1_human (4ZUD.A) (dyn120)
agtr1_human (4ZUD.A) (dyn190)
ccr5_human (4MBS.A) (dyn67)
ccr5_human (4MBS.A) (dyn119)
ccr5_human (4MBS.A) (dyn118)
par1_human (3VW7.A) (dyn130)
par1_human (3VW7.A) (dyn129)
par1_human (3VW7.A) (dyn128)
oprd_human (4RWD.A) (dyn84)
oprd_human (4N6H.A) (dyn73)
oprd_human (4N6H.A) (dyn145)
oprk_human (4DJH.A) (dyn59)
oprk_human (4DJH.A) (dyn60)
oprm_mouse (5C1M.A) (dyn151)
oprm_mouse (4DKL.A) (dyn61)
oprd_human (4N6H) (dyn8)
oprd_human (4N6H) (dyn4)
oprx_human (5DHG.A) (dyn156)
oprx_human (4EA3.A) (dyn62)
oprx_human (4EA3.A) (dyn70)
oprx_human (5DHH.A) (dyn155)
oprm_mouse (5C1M) (dyn199)
oprm_mouse (5C1M) (dyn201)
oprm_mouse (5C1M.A) (dyn169)
p2ry1_human (4XNW.A) (dyn181)
p2ry1_human (4XNW.A) (dyn182)
p2ry1_human (4XNV.A) (dyn179)
p2ry1_human (4XNW.A) (dyn180)
ntr1_rat (4GRV.A) (dyn66)
ntr1_rat (4XEE.A) (dyn177)
ntr1_rat (4XEE) (dyn178)
ntr1_rat (4GRV) (dyn71)
cxcr4_human (3ODU.A) (dyn101)
cxcr4_human (3ODU.A) (dyn103)
cxcr4_human (3ODU.A) (dyn102)
cxcr4_human (3OE0.A) (dyn104)
cxcr4_human (4RWS) (dyn89)
cxcr4_human (4RWS.A) (dyn98)
cxcr4_human (4RWS) (dyn86)
fzd6_human (HOMO) (dyn205)
fzd6_human (HOMO) (dyn202)
fzd4_human (6BD4) (dyn196)
smo_human (5L7I.Z) (dyn191)
smo_human (5L7I.Z) (dyn192)
smo_human (5L7D.Z) (dyn161)
smo_human (4QIN) (dyn200)
smo_human (4QIN) (dyn204)
smo_human (4QIN) (dyn203)
smo_human (4QIN) (dyn198)
grm5_human (5CGD.A) (dyn193)
grm1_human (4OR2.A) (dyn81)
grm5_human (5CGD.A) (dyn153)
grm5_human (5CGC.A) (dyn152)
grm5_human (4OO9.A) (dyn74)
p2y12_human (4PXZ.A) (dyn78)
p2y12_human (4PXZ.A) (dyn77)
p2y12_human (4PY0.A) (dyn80)
p2y12_human (4PY0.A) (dyn79)
us28_hcmva (4XT1.A) (dyn170)
ffar1_human (4PHU.A) (dyn76)
ffar1_human (4PHU.A) (dyn75)
ednrb_human (5GLH) (dyn168)
ednrb_human (5GLH.A) (dyn158)
opsd_bovin (3DQB.A) (dyn122)
opsd_bovin (3PQR.A) (dyn125)
opsd_bovin (4J4Q) (dyn197)
opsd_bovin (1U19.A) (dyn12)
crfr1_human (4K5Y.C) (dyn95)
crfr1_human (4K5Y.C) (dyn97)
glr_human (4L6R.A) (dyn110)
aa2ar_human (3REY.A) (dyn35)
aa2ar_human (5IU4.A) (dyn49)
aa2ar_human (5IU8.A) (dyn52)
aa2ar_human (3QAK.A) (dyn34)
aa2ar_human (5IUB.A) (dyn54)
aa2ar_human (4EIY.A) (dyn43)
aa2ar_human (5IU7.A) (dyn51)
aa2ar_human (5IUA.A) (dyn53)
aa2ar_human (3REY.A) (dyn36)
aa2ar_human (3UZC.A) (dyn41)
aa2ar_human (4EIY.A) (dyn44)
aa2ar_human (3UZC.A) (dyn42)
aa2ar_human (3UZA.A) (dyn40)
aa2ar_human (5IU4.A) (dyn50)
aa2ar_human (3UZA.A) (dyn39)
aa2ar_human (3RFM.A) (dyn38)
aa2ar_human (3RFM.A) (dyn37)
aa2ar_human (3EML) (dyn7)
aa1r_human (5UEN.Z) (dyn21)
aa1r_human (5UEN.Z) (dyn165)
aa2ar_human (4UHR.A) (dyn45)
aa2ar_human (2YDV.A) (dyn32)
aa2ar_human (2YDO.A) (dyn30)
aa2ar_human (2YDO.A) (dyn31)
aa2ar_human (4UHR.A) (dyn46)
aa2ar_human (2YDV.A) (dyn33)
aa2ar_human (5G53.A) (dyn48)
aa2ar_human (5G53.A) (dyn47)
ox1r_human (4ZJ8.A) (dyn186)
ox1r_human (4ZJC.A) (dyn188)
ox1r_human (4ZJ8.A) (dyn187)
ox2r_human (4S0V.A) (dyn172)
ox2r_human (4S0V.A) (dyn91)
lpar1_human (4Z35.A) (dyn184)
lpar1_human (4Z36.A) (dyn185)
lpar1_human (4Z34.A) (dyn171)
lpar1_human (4Z34.A) (dyn183)
s1pr1_human (3V2Y.A) (dyn127)
s1pr1_human (3V2Y.A) (dyn63)
cnr1_human (5U09.A) (dyn22)
cnr1_human (5U09.A) (dyn164)
cnr1_human (5TGZ.A) (dyn162)
cnr1_human (5U09.A) (dyn163)
5ht2b_human (4IB4.A) (dyn94)
5ht2b_human (4IB4.A) (dyn92)
drd3_human (3PBL.A) (dyn105)
drd3_human (3PBL.A) (dyn106)
5ht1b_human (4IAR.A) (dyn90)
5ht1b_human (4IAR.A) (dyn87)
5ht1b_human (4IAQ.A) (dyn85)
hrh1_human (3RZE.A) (dyn109)
hrh1_human (3RZE.A) (dyn126)
hrh1_human (3RZE.A) (dyn108)
adrb2_human (4LDE.A) (dyn121)
adrb2_human (4LDO.A) (dyn117)
adrb2_human (4LDL.A) (dyn114)
adrb2_human (4LDE.A) (dyn113)
adrb2_human (3PDS.A) (dyn107)
adrb2_human (3NYA.A) (dyn100)
adrb2_human (3NY9.A) (dyn99)
adrb2_human (2R4R) (dyn9)
adrb2_human (3D4S.A) (dyn65)
adrb2_human (2RH1.A) (dyn11)
adrb2_human (3NY8.A) (dyn88)
adrb2_human (4QKX.A) (dyn82)
adrb2_human (3NY9.A) (dyn96)
adrb2_human (4LDO.A) (dyn116)
adrb2_human (5JQH.A) (dyn160)
adrb2_human (3NYA.A) (dyn124)
adrb2_human (3NY8.A) (dyn123)
adrb2_human (3D4S.A) (dyn83)
adrb2_human (5JQH.A) (dyn159)
adrb2_human (4LDL.A) (dyn115)
adrb2_human (2R4R) (dyn10)
adrb2_human (2R4R) (dyn6)
adrb1_melga (3ZPQ.B) (dyn133)
adrb1_melga (4AMJ.B) (dyn167)
adrb1_melga (5A8E.A) (dyn147)
adrb1_melga (3ZPR.B) (dyn135)
adrb1_melga (5A8E.A) (dyn149)
adrb1_melga (2Y00.B) (dyn13)
adrb1_melga (2Y02.B) (dyn17)
adrb1_melga (4AMI.A) (dyn138)
adrb1_melga (2Y04.B) (dyn27)
adrb1_melga (2YCW.A) (dyn56)
adrb1_melga (2Y03.B) (dyn23)
adrb1_melga (3ZPQ.B) (dyn131)
adrb1_melga (2YCW.A) (dyn57)
adrb1_melga (4BVN.A) (dyn143)
adrb1_melga (4AMJ.B) (dyn141)
adrb1_melga (3ZPQ.B) (dyn134)
adrb1_melga (5A8E.A) (dyn150)
adrb1_melga (4BVN.A) (dyn144)
adrb1_melga (3ZPR.B) (dyn136)
adrb1_melga (3ZPR.B) (dyn137)
adrb1_melga (4AMI.A) (dyn139)
adrb1_melga (2Y04.B) (dyn28)
adrb1_melga (3ZPQ.B) (dyn132)
adrb1_melga (2Y03.B) (dyn24)
adrb1_melga (5A8E.A) (dyn148)
adrb1_melga (2Y00.B) (dyn14)
adrb1_melga (4AMJ.B) (dyn142)
adrb1_melga (2YCW.A) (dyn64)
adrb1_melga (2Y02.B) (dyn18)
adrb1_melga (4AMJ.B) (dyn195)
adrb1_melga (4BVN.A) (dyn58)
adrb1_melga (2Y00.B) (dyn16)
adrb1_melga (2Y03.B) (dyn26)
adrb1_melga (2Y02.B) (dyn20)
adrb1_melga (2Y04.B) (dyn55)
adrb1_melga (4AMI.A) (dyn140)
adrb1_melga (2Y03.B) (dyn25)
adrb1_melga (2Y00.B) (dyn15)
adrb1_melga (2Y02.B) (dyn19)
adrb1_melga (2Y04.B) (dyn29)
acm3_rat (4U15.B) (dyn174)
acm3_rat (4U16.B) (dyn176)
acm3_rat (4U15.B) (dyn93)
acm3_rat (4U16.B) (dyn175)
acm1_human (5CXV.A) (dyn194)
acm1_human (5CXV.A) (dyn154)
acm4_human (5DSG.B) (dyn157)
acm4_human (5DSG.B) (dyn173)
acm2_human (3UON.A) (dyn112)
acm2_human (3UON.A) (dyn111)
acm2_human (4MQT.A) (dyn72)
acm2_human (4MQS.A) (dyn68)
acm2_human (4MQS.A) (dyn69)

Move x-axis on scroll

Previous
1
2
3
4
5
6
Next

100%

50%

0%